Едно от най-големите препятствия в изследването на стволовиклетки включва използваннето на ембрионални стволови клетки. Макар тези стволови клетки да имат най-голям потенциал по отношение на тяхната способност да се диференцират в различни видове клтки в човешкото тяло, те водят след себе и големи спорове в научната сфера по отношение на степента етичност на използване на тези клетки за терапевтични нужди. Добивът на ембрионални стволови клетки включва унищожаването на ембрион, което смущава редица политически организации, изследователи и обществени членове. Не само това, но всъщност получаването им е предизвикателство само по себе си и става все по-трудно на места като Съединените щати, където политическите норми ограничават използването на ембрионални стволоив клетки.
За това в по-голямата част учените са насочили усилията си в овладяването на силата на зрелите стволови клетки, въпреки че все още срещат трудности в това. Това е главната причина да се увеличи търсенето на съхранение на стволови клетки на изгодни цени от общността и по-точно от тези, които очакват раждане на дете. От няколко години насам тази услуга за съхранение на стволови клетки за 20-25 години става популярна сред младите родители, които са готови да дадат всичко за здравето на своето дете. Освен, че извличането на тези клетки става безболезнено, то не крие риск за никой: бебето или майкта, защото клетките се извличат от кръвта на пъпната връв веднага след като тя беде прерязана при раждането. Това има и своите недостатъци: услугата не се предлага при раждане със секцио, а и трябва да се възползвате веднага при раждането. За момента изследвнаията и всички тестове дават срок на използване на клетките след замразяване до 25 години, но в близките няколко години се очаква този срок да се увеличи още до 5 години. Това е единствения начин за момента да използваме ембрионални стволови клетки без да убиваме ембрион.
За щастие, според последните здравни доклади биотехнологичните компании твърдят, че са постигнали начин за извличане на ембрионални стволови клетки без да унищожават ембриона, а това са въл нуващи новини за всикчи опоненти на използването на ембрионални стволови клетки. Тези компании се надяват, че тази новина ще успокои дебатите около етичната страна на използването нан тези клетки и ще накара политическите организации да се замислят за по-облекчен режим и закони за тяхното използване, така че учените да могат да се заемат с изследване на терапии за лечение на различни тежки болести с тези клетки. До момента изследванията се развиваха главно със стволоивклетки извлечени от зряла тъкан, но те имат много по-слаба способност да се диференцират в ралични специфични клетки успешно. За това успешното донорство и съхранение на клетки е важно за прогреса на медицината в сферата на лечението на досега смятани за нелечими болести като рак и Паркинсон, остеопороза и други. Такива клетки могат да бъдат извличани при всяко раждане, принкоето родителите не желаят да запазят собствена банка със стволови клетки.
Докато предишни изследвания са показали, че ембрионалните стволови клетки могат да бъдат извлечени от миши ембриони без това да води до унищожаване на ембриона, най-новото изследване показва подобни резултати, но в човешките ембриони, които са отхвърлени при ин витро процедури. Използваната техника се нарича преимплантирана генетична диагностика. Тя включва премахване на един вид клетка – бластомер – от група от около 10 клетки, които съставляват ембриона в ранните му етапи. Тогава учените създават клетъчна колония само от една клетка, като по този начин остават ембриона непокътнат и способен да расте в човешкото тяло. В този случай екстрахираните клетки са плурипотентни и са способни да се диференцират в различни специфични клетки.