Стволовите клетки имат интересна история, която обаче е малко затъмнена от различни дебати и спорове. В средата на 1800г. е открито, че клетката е най-малкия основен градивен елемент на живота и че някои клетки имат способността да произвеждат други клетки. Направени са опити за олождане на яйцеклетка извън човешкото тяло и в началото на 1900-те е установено, че някои клетки имат способността да генерират кръвни клетки. А през 1968 г. Е направен апървата трансплантация на костен мозък за лечение на брат и сестра, която е била успешна. Други ключови събития в историята на стволовите клетки включват:
През 1978 г. са открити ствлови клетки в кръвта от пъпна връв, а през 1981 г. е направен първия опит за колонизиране на стволови клетки използвайки мишки. Седем години по-късно са напарвени първите колонии от ембрионални стволови клетки. След това става популярни замразяване на собствени банка за стволови клетки. През 1995 г. са направени първите колонии на клетките от примат, а през 1997 г. е клониране агне за първи път. През същата година учените са открили, че левкемията произлиза от от хемопоетичните стволови клетки, което показва възможно доказателство за рак на стволовите клетки. А през следващата 1998 г. Томпсън от университета Уинсконсин изолира клетки от вътрешната клетъчна маса на ранни ембрионални стволови клетки и развива първите ембрионални стволовиклетъчни колонии. През същата година Герхарт от университета Джон Хопкинс получава полови клетки от ембрионална гонадата тъкан и плурипотентни стволови клетъчни колонии, разработени от два източника. След това през 1999 и 2000 г. учените открили, че манипулирайки стара тъкан на мишки може да доведе до производството на различник летки. Това означава, че клетките от костен мозък могат да произвеждат нервни или чернодробни клетки и клетките в мозъка могат също да се възпроиозвеждат в различен вид клетки. Тези открития са вълнуващи за всеки работещ в областта на изучаването на стволовите клетки и остават едно обещание за по-голям научен контрол върху диференциацията и пролиферацията на стволовите клетки. Големият минус на токлова много информация и открития е, че всеки би могъл да изфабрикува някакво откритие. Такъв е случаят през 2004 и 2005г. , когато Ву Сук Хван, корейски научен работник, твърдял, че е произвел човешки ембрионални стволови колонии от неоплодена яцеклетка. В крайна сметка този опит се оказал напълно неверен, клетките били от кръв на пъпна връв, но предизвикал голям международен скандал. По-късно през 2007 г. изследователи ръководени от Антъни Атала заявили, че нов тип стволови клетки са били изолирани от околоплодна течност. Това откритие е важно, защото може да даде една алтернатива на използваните до сега ембрионални клетки.
През последните години изследванията върху стволовите клетки и техните възможности са нараснали значително. Това може да се предположи и от голямото изобилие на оферти за съхранение на стволови клетки  на изгодни цени. Изследоваателите все още имат доста път да извървят преди да постигнат тотален контрол върху диференциацията на стволовите клетки.